La exposición prolongada a esas toxinas ha sido vinculada al cáncer, a daños en el sistema inmunológico y a problemas de desarrollo en los niños.
El gobierno de Indonesia asegura que está enviando la basura de regreso a los países de origen.
Varios periodistas del programa Victoria Derbyshire de la BBC hablaron con ciudadanos que padecen enfermedades respiratorias debido a la quema de basura plástica.
Investigadores de IPEN recogieron huevos de gallinas de corral en dos sitios cerca de la localidad de Surabaya, en Java Oriental.
Examinar estos huevos es la forma más efectiva de comprobar la presencia en la cadena alimentaria de los llamados Contaminantes Orgánicos Persistentes (COP).
Los niveles más altos de contaminación fueron constatados cerca de las fábricas de tofu de la aldea de Tropodo, en las que queman plástico como combustible.
Basta ingerir un huevo de esa localidad para exceder 70 veces el límite de dioxinas cloradas recomendado por la Agencia Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA, por sus siglas en inglés).
Los investigadores señalaron que se trata del segundo nivel más alto de dioxinas en huevos jamás registrado en Asia. El primero fue medido cuando Estados Unidos roció el herbicida defoliante agente naranja durante la Guerra de Vietnam.
Los huevos en Indonesia también contenían retardantes de llama que son comunes en plásticos, como los polibromodifenil éteres o PBDE.
"No precisamos explicar al médico cuáles son nuestros síntomas. Simplemente le decimos que vivimos en Tropodo", contó un residente de la que se conoce como la "ciudad del humo".
Los expertos aseguran que comer unos pocos huevos contaminados no tiene consecuencias inmediatas para la salud. Los problemas serios surgen cuando la exposición a los contaminantes es prolongada.
"En Indonesia nunca había visto registros como estos", señaló Yuyun Ismawati, el reconocido experto ambiental de Indonesia que realizó las pruebas de contaminantes.
Agus Haryono, del Instituto Indonesio de Ciencias, dijo que el país debe implementar "una infraestructura adecuada para monitorear los contaminantes orgánicos persistentes", con el fin de combatir el "contrabando descontrolado de plástico".
Los investigadores examinaron el área en torno a una fábrica de papel en Java Oriental, donde cerca del 40% del papel es importado.
Pero junto al papel llega plástico de baja calidad, que es vendido a pobladores locales.
Una de las llamadas "granjeras de plástico" en la aldea de Bangun, una mujer llamada Supiyati, relató a la BBC que se gana la vida vendiendo plástico.
"Con el dinero que gané pude comprar esta parcela de tierra y mandar a mis hijos a la escuela", señaló, sentada entre grandes fardos de plástico.
La importación de plástico en Indonesia aumentó un 141% el año pasado hasta alcanzar 283.000 toneladas.
El plástico proviene de Australia, Canadá, Irlanda, Italia, Nueva Zelanda, Reino Unido y Estados Unidos, de acuerdo a la agencia de estadísticas indonesia.
La cantidad de basura plástica enviada a varios países asiáticos se disparó luego de que China prohibierasu importación en 2017.
Peter Dobson, investigador del departamento de ingeniería de la Universidad de Oxford, en Reino Unido, cree que los países exportadores del plástico también deben ser responsabilizados.
"Una prohibición de la exportación de basura plástica obligaría a desarrollar nuevas tecnologías para reciclar plástico y a reducir el uso de este producto", afirmó.
Indonesia no cuenta con la infraestructura necesaria para reciclar grandes cantidades de plástico.
El país asiático tampoco tiene un sistema eficiente de recolección de basura, por lo que grandes cantidades de restos plásticos acaban en los ríos o son incinerados.
En la localidad de Sindang Jaya, el jefe local, Masrur, asegura que muchos residentes tiene problemas respiratorios debido al humo generado por la quema de plástico.
Una residente local, Mila Damila, dijo que su nieta había sido hospitalizada cuatro veces.
"El doctor dijo que estaba enferma por causa del humo. Es tan espeso que en plena tarde está oscuro".
Otra residente, Eli Prima, afirmó que su hija fue llevada de emergencia al hospital donde la conectaron a un tubo de oxígeno.
Luego de discusiones tensas con los comerciantes locales de plástico, las incineraciones más grandes se han suspendido.
Y hay indicios de que los controles por parte del gobierno comienzan a tener algún impacto.
El flujo de plástico hacia Sindang Jaya está disminuyendo, pero la quema de plástico continúa.
