Al KRI Nanggala-402 se le perdió el rastro cuando estaba a unos 100 km de la costa de Bali, en las primeras horas de la mañana del miércoles.
La búsqueda de la embarcación involucra seis barcos de guerra, un helicóptero y 400 personas.
Singapur y Malasia también han despachado buques, y Estados Unidos, Australia, Francia y Alemania han ofrecido asistencia.
El submarino de construcción alemana realizaba un ejercicio cuando dejó de reportarse, expresó la armada.
"Conocemos el área pero es bastante profunda", le dijo el primer almirante Julius Widjojono a la agencia noticiosa AFP.
Algunos informes señalan que el contacto con el submarino se perdió después de que se le dio permiso para descender a aguas más profundas.
Entretanto, un derrame de aceite encontrado cerca del lugar donde el submarino se sumergió podría ser el indicativo de un daño en el tanque de combustible, pero también podría ser una señal enviada por la tripulación, barajó la armada.
La embarcación desaparecida es uno de cinco submarinos que operan en Indonesia. Fue construido a finales de la década de los 1970 y luego fue sometido a un reequipamiento de dos años y medio en Corea del Sur que se completó en 2012.
Un portavoz de la armada le dijo a la BBC que es la primera vez que Indonesia pierde uno de sus submarinos, pero han ocurrido incidentes similares en otros lugares.
En 2017, el submarino militar argentino Ara San Juan desapareció en el Atlántico sur con 44 tripulantes a bordo.
Sus restos fueron localizados un años después y las autoridades concluyeron que el aparato había hecho implosión.
